Простой пример: пабловский скрипт который любой может скачать и дальше смотреть код и искать увязимости, ты ставишь этот скрипт себе на хост, кто-то увидел твой сайт, нашел скрипт в пабле, нашел в этом скрипте дырку, ты ету дырку не закрыл у себя на сайте - тебя взломали.
Ты написал сайт с нуля, твой код никто не видел, это как минимум затрудняет взлом сайта.
Так же добавлю что даже закрытие дыр - как ты говоришь, а где гарантия что все дыри закроют?